GPU已成為中科院及清華大學科研工具

挑戰

    隨著基于基因、蛋白質和DNA的微觀生命科學研究日益深入，生命科學領域的數據量平均每12個月就增加一倍，研究者對超級計算機和集群系統的要求越來越高，需要不斷探索新技術。浪潮一直是中國生命科學研究領域重要的超級計算機供應商之一，一直致力于新運算平臺的研發與應用。

解決方案

    為解決技術難題，浪潮“倚天”桌面超級計算機采用NVIDIA（英偉達）Tesla技術，建立了一個全新的運算平臺，為中國科學院北京基因組研究所的大規模研究服務，包括基因組序列分析和多態性研究、基因及蛋白質表達研究、生物信息學系統研究及生命科學系統研究等。中國科學院北京基因組研究所曾經承擔過1%國際人類基因組計劃。

結果

    在利用浪潮解決方案的NVIDIA（英偉達）Tesla 平臺之前，傳統CPU計算平臺不僅能耗高、占地多，而且無法承擔數據高速增長帶來的挑戰：任何一個小的修改，就要重新做一遍基因組比對，而每個人大約有30億個基因對，數據量動輒都以TB來衡量（1tb=1024G），做一對染色體的基因測序就需要半個月時間。NVIDIA（英偉達）Tesla實現了CPU難以企及的密集并行計算，使超級計算機的體積縮小數倍，能耗降低5倍，噪音降低2-3倍，價格下降10倍，最重要的是，運算速度大幅提高。一臺浪潮“倚天”桌面超算的計算能力達到每秒鐘四萬億次?；贜VIDIA（英偉達）Tesla平臺的BLAST軟件中的一個關鍵模塊運行速度比單個CPU快35倍。

    中科院北京基因組研究所副所長于軍說：“CPU集群好像一列火車，給定時間和速度就把你運到這里，所有的人員不得不擠在一起，還要排隊等待。而桌面萬億次超級計算機就好像是給每個科研人員都配備了一輛越野車，增加了專家的自由度，挖掘了個人潛力，大大提升了科研效率?！?/P>

    目前，為促進中國生命科學研究，浪潮和北京基因組研究所將基于GPU的BLAST軟件轉為開源軟件，讓中國乃至世界的科學家都能使用中國人在GPU上的研究成果。